برگزاری ژورنال کلاب در بخش میکروب شناسی پزشکی توسط مهرداد مصدق

مقاله مورد بررسی با عنوان Modified MLVA for Genotyping Queensland Invasive Streptococcus pneumoniae   توسط مرداد مصدق ارائه شد. مختصری از توضیحات ایشان به شرح ذیل است:

طبق گزارشات WHO بیماری های تهاجمی پنوموکوکی (IPD) سالیانه جان میلیون ها نفر را تهدید می کند که طبق آمار بالغ بر 800 هزار نفر از آنها کودکان زیر 5 سال می باشند. IPD در تعریف به بیماری هایی اطلاق می گردد که در آنها باکتری استرپتوکوکوس پنومونیه از مکان های استریل بدن همچون خون، بافت، مایع مغزی نخاعی، مایع مفصلی و ... جدا شود. یکی از عمده ترین راه های مقابله با این عفونت ها استفاده از واکسن های پنوموکوکی می باشد که در بهترین حالت ممکن واکسن کونژوگه 13 ظرفیتی پنوموکوکی (PCV-13) تنها 13 سروتایپ از 95 سروتایپ موجود در این باکتری را تحت پوشش قرار می دهد. متعاقب استفاده گسترده از واکسن ها ساختار ژنتیکی باکتری استرپتوکوکوس پنومونیه به مرور زمان تحت پدیده هایی نظیر جایگزینی سروتایپی (serotype replacement) یا سوئیچ کپسولی (capsule switching) تغییر می کند. پدیده های فوق الذکر می تواند اثربخشی واکسیناسیون علیه پنوموکوک را به شدت کاهش دهد لذا جهت بررسی این موارد نیاز به اطلاعات سروتایپی و ژنوتایپی در این باکتری نیاز است.

روش MLVA که در آن به بررسی تعداد توالی های تکرار شونده در ژنوم می پردازیم نسبت به روش های گلداستاندارد نظیر MLST برتری هایی همچون قدرت تمایز بالاتر، هزینه کمتر در عین حال سرعت بالاتر و با تکرارپذیری بالاتری می باشد. مهمترین کاربرد روش MLVA در مطالعات اپیدمیولوژی کوتاه مدت و بررسی طغیان های منطقه ای می باشد.

در این مطالعه که بر روی 317 ایزوله تهاجمی پنوموکوک صورت گرفته است بر حسب انتخاب VNTR هایی با ضریب تمایزی سیمپسون بالاتر، سعی در بالا بردن حداکثری قدرت تمایز این روش اصلاح شده در مقابل با روش های قبلی ارائه شده توسط کوئک و همکارانش و همچنین البرس و همکارانش می باشد. هدف دیگری که در این مطالعه دنبال شد انتخاب VNTR هایی بود که در برخی از سروتایپ های خاص قابلیت سنتز را نداشتند تا خلأ کامل نشدن پروفایل آللی در برخی از سروتایپ های خاص نیز رفع گردد.

در نهایت پروتوکلی شامل 10 عدد VNTR با قدرت تمایز بالا ارائه شد که با بررسی ضریب همبستگی والاس در هر 3 پروتوکلی که در این مطالعه مورد ارزیابی قرار گرفت نشان داده شد که این پروتوکل اصلاح شده از نظر نتایج دارای همبستگی بالایی با سایر پروتوکل های MLVA و همچنین روش های تایپینگ MLST و Serotping دارد.