آزمایشگاههای گروه مهندسی بهداشت محیط تقریباً از اوایل تاسیس دانشکده بهداشت (1345 هـ.ش) فعالیت های خود را همزمان با تشکیل گروه آغاز نموده است و همسو با اعتلای سطح آگاهی ها در زمینه بهداشت محیط و پیچیدگی، تنوع و تعدد آلودگی ها، فعالیت این آزمایشگاه ها نیز به صورت روزافزون گسترش یافته است.

با عنایت به تاریخچه تأسیس، این آزمایشگاه به عنوان قدیمی ترین آزمایشگاه بهداشت محیط کشور شناخته شده است و به عنوان جزئی از نظام سلامت ملی، در دایره ی خدمات بهداشتی-درمانی در کنار سایر بخش های دانشگاه به جمعیت تحت پوشش خود ارائه خدمت نموده و بر اساس سیاست های کلی دانشگاه و وظایف تعیین شده از سوی آن و بر اساس آرمان های خود در حوزه های زیر فعالیت می نماید.

1-آلودگی آب

2-فاضلاب

3-کنترل کیفیت مواد غذایی

4-آلودگی هوا

با توجه به سابقه طولانی و کیفیت عملکرد آزمایشگاههای گروه مهندسی بهداشت محیط این مجموعه در سال 87 به عنوان آزمایشگاه معتمد محیط زیست و در سال 90 به عنوان آزمایشگاه مرجع کشوری انتخاب گردیده است.